Musiqi nəzəriyyəsi kafedrası Üzeyir Hacıbəyov adına ADK-nın müstəqil bölməsi kimi 1955-ci ildə yaradılmışdır. Lakin artıq 1921-ci ildən ADK-nın tərkibində nəzəriyyə bölməsi fəaliyyət göstərirdi. 1925-26-cı illərdə nəzəriyyə şöbəsinın adı dəyişdirilərək nəzəri - bəstəkarlıq oldu. 1925-ci ildə nəzəriyyə şöbəsində nəzəriyyə ixtisasına aid aşağıdaki fənlər tədris olunurdu: harmoniya, kontrapunkt, fuqa, xüsusi alətləşdirmə, partituraların qiraəti, musiqi formasının təhlili və sərbəst bəstələmə.
30-cu illərin əvvəlində isə o artıq nəzəri - bəstəkarlıq kafedrasına çevrildi. Təzəlikcə yaranan nəzəri - bəstəkarlıq kafedrasının ilk rəhbəri 1932-ci ildə Saratov Konservatoriyasından dəvət olunmuş tanınmış nəzəriyyəçi L.M.Rudolf oldu. Kafedranın getdikcə genişlənən fəaliyyəti nəticəsində 30-cu illərin sonunda nəzəriyyə, bəstəkarlıq və xüsusi dirijorluq kafedraları yaradıldı. Lakin bu dövrün əsas problemi kadr sabitsizliyi idi. Belə ki, 30-cu illərin əvvəlində nəzəriyyə-bəstəkarlıq kafedrasında B.V.Karagiçev, N.Z.Xeyfets və L.P.Yablonkonun fəaliyyətləri dayandırılır, ilk milli kadrımız olan A.Zeynallı isə vaxtından əvvəl dünyasını dəyişir.
1936-cı ildən ADK-da nəzəriyyə fənlərini L.M.Rudolfun tələbəsi dosent N.S.Çumakov aparır. Onların pedaqoji prinsipləri nəzəri-bəstəkarlıq fakültəsinin gələcək işinin əsasına çevrilir. Byu illərin əlamətdar hadisəsi ADK-nın öz yetirmələrindən ibarət olan gənc kadrların formalaşması idi. Bunlardan X.Ağayeva, E.M.Nikomarovanı və Azərbaycan qruplarına dərs deyən M.S.İsmayılovu xüsusilə qeyd etmək lazımdır.
23 iyun 1936-cı ildə ADK-nın bütün kafedralarının funksiyalarına elmi-tədqiqi fəaliyyət daxil edilir. Bu mühüm qərarın nəticəsində dərsliklər üzərində işə, metodiki tövsiyə və proqramlara xüsusi əhəmiyyət verilir. 1931-ci ildə Ü.Hacıbəylinin tövsiyyəsi ilə Azərbaycan dilində ilk ibtidai nəzəriyyə dərsliyi ADK-nın tələbələri A.Zeynallı, S.Rüstəmov, E.Əfəndiyev və A.Həsənov tərəfindən hazırlanır. Elmi-tədqiqi fəaliyyətin nəticəsində L.M.Rudolfun 1939-cu ildə “Harmoniya dərsliyi” və başqa vəsaitlər işıq üzü görür. N.A.Karnitskaya, E.M.Nikomarova və başqalarının elmi referatları yaranır. 1945-ci ildə “Azərbaycan xalq musiqisinin əsasları” adlı elmi-tədqiqi risaləsində Ü.Hacıbəylinin fundamental məqam nəzəriyyəsi öz əksini tapır. Musiqi elmində və tədris prosesində bu iş əvəssiz rol oynayacaq.
30-cu illərdən başlayaraq musiqi nəzəriyyəsinə aid dərs vəsaitləri Azərbaycan dilinə tərcümə olunur. İlk belə nümunə S.Rüstəmovun tərcümə etdiyi E.Konüsun “Elementar musiqi nəzəriyyəsinə dair sinoptik cədvəl”idir.
1939-cu ildə Üzeyir Hacıbəyli Azərbaycan Dövlət Konservatoriyasının direktoru vəzifəsinə təyin edilir. 1939-cu ildə Leninqrad Dövlət Konservatoriyasının professoru P.B.Ryazanov Tiflisdən Bakıya nəzəri fənnlərinin tədrisi üçün dəvət olunur. Ü. Hacıbəyli nəzəri – bəstəkarlıq kafedrasına həm də gənc mütəxəssisləri - X.X.Ağayeva, E.M.Nikomarova, Q.Z.Burşteyni işə cəlb edir.
40-cı illərdə “Musiqi nəzəri sistemlər üzrə seminar”, “Musiqi – nəzəri fənnlərin tədris metodikası”, “Partitura qiraəti” və “Azərbaycan xalq musiqisinin əsasları” fənnləri tədrisə əlavə edilir. Sonuncu fənn üzrə dərsləri Ü.Hacıbəyli özü tədris edir.
40 – 50-ci illərdə kafedra yeni kadrlarla zənginləşir. 1949-cu ildə buraya P.İ.Çaykovski adına Moskva Dövlət Konservatoriyasının nəzəri-bəstəkarlıq fakültəsini yenicə bitirmiş Z.C.Bağırov dəvət olunur. Daha sonra kafedrada X.Məlikov, S.Şeyn, B.Məmmədova, pedaqoji fəaliyyətə başladılar.
1955-ci ildə Musiqi nəzəriyyəsi kafedrası müstəqil fəaliyyət göstərir. Onun müxtəlif illərdə müdiri N.S.Çumakov (1955 - 1957), E.Nikomarova (1957 – 1970), Z.Bağırov (1970 – 1982), N.Əliyeva (1982 – 1996), S.Seyidova (1996 – 2017) olmuşdur. 2018-ci ildən bu günə kimi kafedra müdiri K.Nəsirovadır.
Kafedranın işçiləri daim musiqi nəzəriyyəsinin aktual məsələlərinə aid elmi-tədqiqi işlər aparıblar. E.M.Nikomarova musiqi əsəsrlərinin təhlili və harmoniya fənninin tədris metodikasına dair məqalələrin, “Professor L.M.Rudolf haqqında xatirələr”in, X.H.Məlikov Ü.Hacıbəylinin musiqili komediyalarının üslub və dramaturji xüsusiyyətlərinə və A.Zeynallı haqqında monoqrafiyaların, bir sıra tərcümələrin, N.Əliyeva “Azərbaycan bəstəkarlarının yaradıcılığında polifonik quruluşlar” dissertasiyasının, G.Hüseynova L.Bethovenin 32 sonatasının forma xüsusiyyətləri və Azərbaycan dilində harmoniya üzrə dərsliyin, Azərbaycan xalq və professional musiqisi əsasında birsəsli “Solfecio”nun (Z.Bakıxanova ilə birgə), S.Seyidova Azərbaycan xalq professional musiqisi və qədim Azərbaycan mərasim musiqisinə dair elmi araşdırmaların, V.Əlixanova-Şərifova, B.Qarayeva-Məmmədova, Ş.Bağırova, İ.Əfəndiyeva musiqidə millilik, F.Əmirov, Q.Qarayev, A.Məlikov, V.Adıgözəlov və digər bəstəkarların yaradıcılığı haqqında elmi məqalələrin və monoqrafiyaların müəllifləridirlər. Tərcümə işləri kafedrada davam etdirildi. 1988 – ci ildə kafedranın əməkdaşı G.Hüseynova tərəfindən A. Mazelin “Musiqi əsərlərinin quruluşu” kitabı tərcümə olunur.
50-60-cı illərdə - Q.Burnşteyn, Ş.Bağırova, İ.Əfəndiyeva, Z.Bakıxanova, G.Hüseynova, O.Felzer, Z.Bakıxanova, G.Hüseynova, B.Yermolayev, İ.Məmmədov, İ.Əfəndiyeva musiqi nəzəriyyəsi kafedrasında fəaliyyətə başlayır.
70-90-cı illərdə kafedra yeni kadrlarla zənginləşir – L.Vaynşteyn, V.Əlixanova-Şərifova, T.Yaqubova, L.Dadaşova, L.Mehdiyeva, E.Dadaşova, N.Əliyeva, N.Rəhimova, P.Quliyev, G.Mahmudova.
2000-ci illərdən isə kafedrada H.Babayeva, A.Məmmədova, A.Rəhimova, E.Pənahova, D.Məmmədova, T.Məmmədəliyeva, A.İnyakina, Q.Zeynallı, Q.Qəhrəmanova fəaliyyət göstərir.
Kafedrada uzun illər ərzində təşəkkül tapmış ənənələr daima qorunub saxlanmışdır. Bu, ilk növbədə professional və savadlı nəzəriyyəçi-müsiqişünaşların hazırlanmasında özünü göstərir. Təsadüfi deyil ki, hazırda kafedrada fəaliyyət göstərən müəllimlərin demək olar ki, hamısı ADK-nın (və ya BMA-nın) məzunlarıdır. Onlar pedaqoji fəaliyyətlə yanaşı kafedrada nəzəri elmi-tədqiqi işlər aparırlar. Elmi araşdırmalar Azərbaycan şifahi ənənəli və bəstəkar musiqisində müxtəlif problemlərini əhatə edir. Tədqiqatların nəticələri kitab, məqalə və məruzələrdə, müdafiyə olunan dissertasiya işlərində öz əksini tapır.
1993-cü ildə tədris planında edilən dəyişikliklər nəticəsində Azərbaycanda ali təhsil prosesi iki mərhələdən ibarət oldu: təhsildə bakalavr və magistr dərəcələri müəyyən edildi. Bunu nəzərə alan musiqi nəzəriyyəsi kafedrasının professor-müəllim heyəti fənlər üzrə yeni təkmilləşdirilmiş proqram və metodiki tövsiyələr hazırlayaraq tədris prosesinə daxil ediblər.